Dzień 1.
Symulacja dynamiki molekularnej
Sesja poranna:
1. Wprowadzenie do Symulacji Dynamiki Molekularnej (MD).
2. Czym jest MD i jakie ma znaczenie w chemii obliczeniowej i biologii?
3. Popularne pola sił w symulacjach komputerowych i ich zastosowania.
Sesja popołudniowa:
1. Praktyczne pokazy uruchamiania prostych symulacji MD za pomocą oprogramowania Gromacs.
2. Przygotowanie plików wejściowych i parametrów systemu.
3. Solwatacja i jonizacja systemu.
4. Analiza trajektorii Analiza trajektorii MD.
Cel:
- Zrozumienie podstawowych zasad symulacji dynamiki molekularnej.
- Praktyczne doświadczenie w uruchamianiu podstawowej symulacji MD.
- Podstawowa wiedza z zakresu analizy trajektorii.