Podstawy modelowania molekularnego

Podstawy modelowania molekularnego

Dwudniowy kurs z podstaw modelowania molekularnego pozwoli uczestnikom zdobyć wszechstronne zrozumienie symulacji dynamiki molekularnej oraz technik dokowania molekularnego. Uczestnik zdobędzie niezbędną wiedzę i umiejętności do przeprowadzania podstawowych symulacji MD, analizowania trajektorii oraz przeprowadzania studiów dokowania molekularnego w praktycznych zastosowaniach.

Kurs został zaprojektowany w celu dostarczenia podstawowej wiedzy i umiejętności w dziedzinie modelowania molekularnego, skupiając się na dwóch podstawowych technikach: symulacji dynamiki molekularnej (MD) i dokowaniu molekularnym.

Kurs prowadzony jest w języku angielskim (lub polskim – jeśli cała grupa uczestników będzie polskojęzyczna).

*Cena zawiera: udział w zajęciach, materiały szkoleniowe, certyfikat uczestnictwa, catering kawowy.

Program szkolenia

Dzień 1.

Symulacja dynamiki molekularnej

Sesja poranna:

1. Wprowadzenie do Symulacji Dynamiki Molekularnej (MD).
2. Czym jest MD i jakie ma znaczenie w chemii obliczeniowej i biologii?
3. Popularne pola sił w symulacjach komputerowych i ich zastosowania.

Sesja popołudniowa:

1. Praktyczne pokazy uruchamiania prostych symulacji MD za pomocą oprogramowania Gromacs.
2.  Przygotowanie plików wejściowych i parametrów systemu.
3. Solwatacja i jonizacja systemu.
4. Analiza trajektorii Analiza trajektorii MD.


Cel:

  • Zrozumienie podstawowych zasad symulacji dynamiki molekularnej.
  • Praktyczne doświadczenie w uruchamianiu podstawowej symulacji MD.
  • Podstawowa wiedza z zakresu analizy trajektorii.

Dzień 2.

Dokowanie Molekularne

Sesja poranna:

  1. Wprowadzenie do Dokowania Molekularnego.
  2. Czym jest dokowanie molekularne i jakie ma znaczenie w odkrywaniu leków oraz interakcjach białko-ligand?
  3. Algorytmy dokowania i funkcje oceny.

Sesja popołudniowa:

  1. Praktyczne pokazy uruchamiania prostych studiów dokowania molekularnego za pomocą oprogramowania Autodock Vina.
  2. Przygotowanie receptora i ligandu do badań dokowania.
  3. Wizualizacja i analiza wyników dokowania.
  4. Dyskusja na temat zastosowań w odkrywaniu leków i interakcjach białko-ligand.

Cel:

  • Zrozumienie zasad i technik dokowania molekularnego.
  • Praktyczne doświadczenie w uruchamianiu symulacji dokowania.
  • Wiedza z zakresu analizy i doskonalenia wyników dokowania.
  • Praktyczne zrozumienie zastosowań dokowania molekularnego.
Weź udział w kursie! Wypełnij formularz rejestracyjny.