Podstawy modelowania molekularnego
Dwudniowy kurs z podstaw modelowania molekularnego pozwoli uczestnikom zdobyć wszechstronne zrozumienie symulacji dynamiki molekularnej oraz technik dokowania molekularnego. Uczestnik zdobędzie niezbędną wiedzę i umiejętności do przeprowadzania podstawowych symulacji MD, analizowania trajektorii oraz przeprowadzania studiów dokowania molekularnego w praktycznych zastosowaniach.
Kurs został zaprojektowany w celu dostarczenia podstawowej wiedzy i umiejętności w dziedzinie modelowania molekularnego, skupiając się na dwóch podstawowych technikach: symulacji dynamiki molekularnej (MD) i dokowaniu molekularnym.
Kurs prowadzony jest w języku angielskim (lub polskim – jeśli cała grupa uczestników będzie polskojęzyczna).
- Jesteś studentem lub badaczem, który wie, że modelowanie molekularne odgrywa kluczową rolę w zrozumieniu zachowania cząsteczek biologicznych i interakcji między białkami i ligandami?
- Jesteś naukowcem zajmującym się odkrywaniem leków, który wie, że dokowanie molekularne jest potężnym narzędziem używanym w odkrywaniu leków do przewidywania, w jaki sposób potencjalne cząsteczki leku wiążą się z docelowymi białkami?
- A może jesteś informatykiem, bioinformatykiem, pracujesz w branży biotechnologicznej lub farmaceutycznej lub jesteś samoukiem, który chce zbadać zastosowanie swoich umiejętności i chciałby skorzystać z nauki technik modelowania molekularnego.
- To szkolenie jest dla Ciebie!
*Cena zawiera: udział w zajęciach, materiały szkoleniowe, certyfikat uczestnictwa.
Program szkolenia
Dzień 1.
Przewidywanie struktury 3D białka (AlphaFold2) i dokowanie molekularne
Sesja poranna:
Wykład : Wprowadzenie do przewidywania struktury 3D białka – metoda AlphaFold2.
Ćwiczenie praktyczne 1: Przewidywanie struktury 3D białka przy pomocy metody AlphaFold2.
- Przygotowanie do przewidywania – uzyskanie sekwencji aminokwasów.
- Uruchamianie Alphafold2.
- Porównanie przewidywanej struktury ze znaną strukturą za pomocą analizy RMSD.
- Krótka dyskusja na temat wyników.
Wykład 2:
- Wprowadzenie do dokowania molekularnego.
- Znaczenie dokowania w odkrywaniu leków
- Algorytmy dokowania i funkcje scoringowe.
Sesja popołudniowa:
Ćwiczenie praktyczne 2: Dokowanie molekularne i analiza wyników.
- Otrzymywanie struktur receptorów i ligandów.
- Przygotowanie struktur białkowych i ligandowych.
- Generowanie możliwych konformacji i orientacji ligandów w stosunku do białka.
- Ocena dopasowania ligandu do miejsca wiązania białka za pomocą funkcji punktacji.
- Ranking konformacji ligandów według wartości punktowych i wybór najlepiej pasujących, o najniższej energii interakcji białko-ligand.
- Analiza wyników: określenie orientacji i pozycji wiązania ligandu oraz aminokwasów istotnych dla oddziaływań białko-ligand.
Kamienie milowe pierwszego dnia:
- Zrozumienie dokowania molekularnego.
- Praktyczne doświadczenie w prowadzeniu dokowania kompleksu białko-ligand.
- Umiejętność samodzielnej analizy wyników dokowania molekularnego.
Dzień 2.
Sesja poranna:
Czym są symulacje dynamiki molekularnej (MD) i jak działają?
Sesja popołudniowa:
Ćwiczenie praktyczne: Symulacja MD małego białka globularnego w wodzie z jonami
- Przygotowanie wyjściowych struktur białek i ligandów do symulacji.
- Definiowanie cząsteczek wody wokół białka
- Dodawanie jonów do układu.
- Minimalizacja energii.
- Równoważenie.
- Tworzenie symulacji MD.
- Analiza wyników.
Opcjonalnie: symulacje komputerowe białek z użyciem gruboziarnistego pola sił UNRES
Kamienie milowe drugiego dnia:
- Zrozumienie podstawowych zasad symulacji MD.
- Praktyczne doświadczenie w prowadzeniu symulacji MD.
- Umiejętność samodzielnej analizy wyników.
- Uczestnicy po ukończonym kursie otrzymują certyfikat.
- Razem raźniej - otrzymaj 10% zniżki na szkolenie otwarte dla każdego kolejnego pracownika z Twojej firmy.
