Metody in silico w ocenie bezpieczeństwa chemicznego
Kurs rozszerzy wiedzę i umiejętności uczestników z zakresu wykorzystywania metod in silico do analizy bezpieczeństwa substancji chemicznych. Kursanci nauczą się praktycznych technik analizy danych chemicznych, korzystania z baz danych, obliczania deskryptorów molekularnych oraz stosowania metod uczenia maszynowego i modelowania QSAR/QSPR.
Uczestnicy zostaną zapoznani z wybranymi narzędziami open-source (m. in. OECD QSAR Toolbox, VEGA, Danish (Q)SAR Database i T.E.S.T.) do przewidywania właściwości chemicznych oraz wykonają praktyczne ćwiczenia dotyczące przewidywania toksyczności substancji chemicznych.
Kurs prowadzony jest w języku angielskim (lub polskim – jeśli cała grupa uczestników będzie polskojęzyczna).
- Dla (eko)toksykologów, safety assessorów, konsultantów ds. regulacyjnych, specjalistów B+R, studentów chemii i kierunków pokrewnych.
*Cena zawiera: udział w zajęciach, materiały szkoleniowe, certyfikat uczestnictwa, catering kawowy.
Program szkolenia
Dzień 1.
Pierwszego dnia kursu uczestnicy zdobędą wiedzę na temat baz danych oraz nauczą się skutecznie przeszukiwać te zasoby w poszukiwaniu potrzebnych informacji. Ponadto, poznają dwa ważne typy analiz chemometrycznych, a mianowicie analizę skupień (HCA) oraz analizę głównych składowych (PCA). Te zaawansowane techniki pozwolą im analizować duże zbiory danych oraz przedstawiać wyniki w formie graficznej.
Sesja poranna:
- Wprowadzenie do metod uczenia maszynowego w ocenie bezpieczeństwa substancji chemicznych
- Bazy danych i FAIRnes danych
- Przegląd baz danych, metod wyszukiwania, rodzajów informacji
- Przykłady baz danych (PubChem, ChemSpider)
Sesja popołudniowa:
- Opis struktury chemicznej i deskryptory molekularne
- Wprowadzenie do grup deskryptorów
- Zadania praktyczne – obliczenia deskryptorów Lipinski i deskryptorów 2D za pomocą pakietu RDiK
- Analiza podobieństwa: Wprowadzenie do analizy głównych składowych (ang. Principal Component Analysis; PCA) oraz zadania praktyczne
- Analiza podobieństwa: Wprowadzenie do analizy skupień (ang. Hierarchical Cluster Analysis; HCA) oraz zadania praktyczne
Dzień 2.
Drugiego dnia uczestnicy kursu będą stopniowo wprowadzani w budowanie modeli QSAR/QSPR, dowiedzą się, jakie dane są niezbędne do tego procesu oraz jakie kryteria muszą spełnić, aby mogły być wykorzystane w celach regulacyjnych. Oprócz samej metodyki modelowania, kursanci nauczą się również praktycznego użycia dostępnych narzędzi, które pozwolą im przewidywać właściwości fizykochemiczne i toksykologiczne związków chemicznych. Dzięki tym umiejętnościom będą mogli podejmować bardziej świadome decyzje w zakresie oceny bezpieczeństwa substancji chemicznych.
Sesja poranna:
- Grupowanie i podejście read-across.
- Założenia metody read-across
- Kryteria podobieństwa substancji
- Wymagane kroki w podejściu read-across
- Modelowanie QSAR/QSPR
- Założenia modelowania QSAR/QSPR
- Fazy modelowania (kalibracja, walidacja, dziedzina zastosowania, zastosowanie modelu)
- Raporty QMRF (ang. (Q)SAR Model Reporting Format)
Sesja popołudniowa:
- Zastosowanie metod in silico w ocenie ryzyka chemicznego
- Wprowadzenie do narzędzi open-source do przewidywania właściwości związków chemicznych
- Studium przypadku w OECD QSAR Toolbox
- Zadanie praktyczne z wykorzystaniem narzędzi open-source do przewidywania toksyczności substancji chemicznych (VEGA / Danish (Q)SAR Database / T.E.S.T.)
- Przygotowanie plików wejściowych
- Analiza/predykcje za pomocą wybranego narzędzia
- Omówienie otrzymanych wyników (porównanie wyników w zależności od użytego narzędzia, poszukiwanie wartości eksperymentalnych)
- Uczestnicy po odbytym szkoleniu otrzymują certyfikat.
- Razem raźniej - otrzymaj 10% zniżki na szkolenie otwarte dla każdego kolejnego pracownika z Twojej firmy.
