Metody in silico w ocenie bezpieczeństwa chemicznego

Metody in silico w ocenie bezpieczeństwa chemicznego

Kurs rozszerzy wiedzę i umiejętności uczestników z zakresu wykorzystywania metod in silico do analizy bezpieczeństwa substancji chemicznych. Kursanci nauczą się praktycznych technik analizy danych chemicznych, korzystania z baz danych, obliczania deskryptorów molekularnych oraz stosowania metod uczenia maszynowego i modelowania QSAR/QSPR.

Uczestnicy zostaną zapoznani z wybranymi narzędziami open-source (m. in. OECD QSAR Toolbox, VEGA, Danish (Q)SAR Database i T.E.S.T.) do przewidywania właściwości chemicznych oraz wykonają praktyczne ćwiczenia dotyczące przewidywania toksyczności substancji chemicznych.

Kurs prowadzony jest w języku angielskim (lub polskim – jeśli cała grupa uczestników będzie polskojęzyczna).

*Cena zawiera: udział w zajęciach, materiały szkoleniowe, certyfikat uczestnictwa, catering kawowy.

Program szkolenia

Dzień 1.

Pierwszego dnia kursu uczestnicy zdobędą wiedzę na temat baz danych oraz nauczą się skutecznie przeszukiwać te zasoby w poszukiwaniu potrzebnych informacji. Ponadto, poznają dwa ważne typy analiz chemometrycznych, a mianowicie analizę skupień (HCA) oraz analizę głównych składowych (PCA). Te zaawansowane techniki pozwolą im analizować duże zbiory danych oraz przedstawiać wyniki w formie graficznej.

 

Sesja poranna:

  • Wprowadzenie do metod uczenia maszynowego w ocenie bezpieczeństwa substancji chemicznych
  • Bazy danych i FAIRnes danych
    • Przegląd baz danych, metod wyszukiwania, rodzajów informacji
  • Przykłady baz danych (PubChem, ChemSpider)

 

Sesja popołudniowa:

  • Opis struktury chemicznej i deskryptory molekularne
    • Wprowadzenie do grup deskryptorów
    • Zadania praktyczne – obliczenia deskryptorów Lipinski i deskryptorów 2D za pomocą pakietu RDiK
  • Analiza podobieństwa: Wprowadzenie do analizy głównych składowych (ang. Principal Component Analysis; PCA) oraz zadania praktyczne
  • Analiza podobieństwa: Wprowadzenie do analizy skupień (ang. Hierarchical Cluster Analysis; HCA) oraz zadania praktyczne

Dzień 2.

Drugiego dnia uczestnicy kursu będą stopniowo wprowadzani w budowanie modeli QSAR/QSPR, dowiedzą się, jakie dane są niezbędne do tego procesu oraz jakie kryteria muszą spełnić, aby mogły być wykorzystane w celach regulacyjnych. Oprócz samej metodyki modelowania, kursanci nauczą się również praktycznego użycia dostępnych narzędzi, które pozwolą im przewidywać właściwości fizykochemiczne i toksykologiczne związków chemicznych. Dzięki tym umiejętnościom będą mogli podejmować bardziej świadome decyzje w zakresie oceny bezpieczeństwa substancji chemicznych.

 

Sesja poranna:

  • Grupowanie i podejście read-across.
    • Założenia metody read-across
    • Kryteria podobieństwa substancji
    • Wymagane kroki w podejściu read-across
  • Modelowanie QSAR/QSPR
  • Założenia modelowania QSAR/QSPR
  • Fazy modelowania (kalibracja, walidacja, dziedzina zastosowania, zastosowanie modelu)
  • Raporty QMRF (ang. (Q)SAR Model Reporting Format)

 

Sesja popołudniowa:

  • Zastosowanie metod in silico w ocenie ryzyka chemicznego
  • Wprowadzenie do narzędzi open-source do przewidywania właściwości związków chemicznych
  • Studium przypadku w OECD QSAR Toolbox
  • Zadanie praktyczne z wykorzystaniem narzędzi open-source do przewidywania toksyczności substancji chemicznych (VEGA / Danish (Q)SAR Database / T.E.S.T.)
  • Przygotowanie plików wejściowych
  • Analiza/predykcje za pomocą wybranego narzędzia
  • Omówienie otrzymanych wyników (porównanie wyników w zależności od użytego narzędzia, poszukiwanie wartości eksperymentalnych)
Weź udział w kursie! Wypełnij formularz rejestracyjny